在小动物脑定位仪的帮助下，我们可以更准确地找到小鼠脑部的重要部位。首先，我们需要了解小鼠脑部的一些基本结构，特别是侧脑室和海马区域的位置。这些位置在小鼠脑部中的应用非常广泛。通过阅读相关文章，你可以在这些文章中找到关于这些小鼠脑部的解剖图谱。

侧脑室的位置相对容易识别，例如Interaural 耳间 3.58 mm—3.22 mm，Bregma 前卤 -0.22 mm-- -0.58 mm。最佳的注射位置为 X= 1.00 mm Z= 1.5 mm Lateral 横向距离，0.60 mm-2.16 mm，最佳位置为0.80 mm Y= 0.80 mm。而海马区域的最佳位置则为Interaural 2.58 mm—1.50 mm Bregma -1.22 mm-- -2.30 mm，前卤 (Bregma) 为 X=1.5 mm, Y= 2.0 mm, Z=2.0 mm。

在进行实验之前，我们需要使用一些外部特征（如前囟、后囟、外耳道、眼眶、矢状缝等）或其他参考点来规定一个三维坐标系，从而确定皮层下某些神经核团结构的位置。具体操作如下：先将门齿卡入横杆，调节旋钮压紧鼻杆；将耳杆插入大鼠耳道，平衡调节左、右耳杆，使大鼠两耳间连线与耳杆在同一直线上，保证左、右耳杆的刻度位置相同后调节旋钮锁紧耳杆。当大鼠固定完成后，其判断标准为鼻对正中，头部不动，提尾不掉，目测大脑放置水平（使颅骨水平）。