一、神经系统

水疗能够促进儿童脑神经发育，提高大脑对外界环境的反应能力、应激能力和智力发育，为提高儿童智商、情商打下良好基础。

二、呼吸系统

促进儿童胸廓发育，提高肺活量；随着肺活量增加，其肋间肌、膈肌、胸大肌也得到有效锻炼，平时气息短、气息弱、腹腔分级调控差，可通过水疗的呼吸训练得到改善，也可为今后的言语治疗训练打下气息基础。

三、消化系统

促进儿童的胃肠道激素的分泌，增强其食欲和消化功能，促进生长发育；

四、循环系统

水疗时肌肉耗氧量增加，水的温热刺激和水的静压可促进血液循环，提高心脏功能；

五、肌肉、骨骼系统

使儿童在宫内屈曲的肌肉、关节、韧带得以舒展，能够有效刺激儿童骨骼、关节、韧带和肌肉的发育及灵活性，促进身高增长；

六、视觉、听觉、触觉、动觉、平衡觉

儿童在水中自由运动，气泡对儿童全身皮肤、骨骼和五脏六腑进行轻柔的爱抚，可促进视觉、听觉、触觉、动觉、平衡觉等综合信息传递；

七、其他方面

在水疗训练中，需要家长与孩子相互协作，设计一些情境课程和游戏，与孩子说、唱、对视、沟通等表达出关爱、喜悦和赞赏，特别是针对自闭症儿童，可以有效地帮助儿童建立良好的情感认知系统和社会交往系统，促进主动语言的建立和自信心的发展。