为什么我的凝胶DNA回收率低
某天风和日丽，我像往常一样去公司上班，一到办公室，销售部的小伙伴就跑来向我抱怨：“小爱啊，最近公司的凝胶回收试剂盒是不是质检不过关？我已经接到好几个投诉电话了！！！”
我：“你说啥！！？？怎么可能，出货前都检验了，没有问题啊！！！”
在小伙伴满脸怀疑的表情下，我还是果断的再检测了一次，对比之后拿到了数据，分分钟甩了出来。
“不是吧？！85%的回收率客户还嫌低？”
“可是客户反映只有不到50%啊……”
为了实力证明产品的质量，我决定去客户的实验室走一趟。（这么近，不去多不好啊……）一上午时间搞定，回来之后小伙伴问我怎么样。为什么我们自己检测的数据与客户做出的结果差距如此之大？下面就由小新为大家解答：凝胶回收过程中有哪些容易被忽略的要点。
对照组采用无损失凝胶回收：（每组实验均有两个重复）
30μl+120μl凝胶作为样品，然后通过正常的凝胶回收实验操作步骤（参照爱津生物试剂凝胶回收试剂盒说明书）。
第一组实验组：凝胶块薄厚差异（每组实验均有两个重复）
客户制胶相对较薄，实验室制得胶比较厚。这会儿估计会有小伙伴说了，做那么厚的胶岂不是浪费吗？然而真的是浪费嘛？我们来看图片：
从图上我们可以很明显的看出图1的凝胶较薄，在跑样孔附近有凸起，且整块胶薄厚不均匀，图2的胶明显厚度均匀，没有明显的凸起凹陷。
那么为什么薄的胶会出现不均匀的现象呢？这在物理学上被称之为“毛细作用”（毛细作用：是由分子表面张力引起的，由表面张力和分子与另一种分子之间的亲和力引起的）。
那么薄厚不同的胶，会对最终凝胶回收效率有什么影响呢？
我们在两块厚薄不同的胶中添加了30μl同样的DNA样本，然后通过正常的凝胶回收实验操作步骤（参照爱津生物试剂凝胶回收试剂盒说明书），得到了最终的一份实验数据。与此同时，我们还进行了第二组实验。
第二组实验：跑胶时间对实验结果的影响（每组实验均有两个重复）
| 组别 | 上样量(μl) | 跑胶时间(min) |
| 1(厚胶) | 30 | 15 |
| 2(厚胶) | 30 | 30 |
| 3(薄胶) | 30 | 30 |
点完样，稍等片刻，我们再来观察实验结果。
小爱跑胶结束啦，为了效果更明显，我们需要在侧面观察侧面观察DNA在凝胶中的状态：
通过对比图3和图4（或者图5和图6），均可看出，随着电泳时间的加长，DNA条带出现明显的扩散。如果凝胶比较厚，如图4，大部分DNA还保留于凝胶中，但是相对较薄的凝胶，如图6，估计得有一半的DNA都跑到电泳缓冲液中了。当然，直观感受没有依据那么我们就用数据说话，接下来继续切胶回收。
实验结果：每组实验均有两个重复（真相终于要浮出水面啦~）
| 实验组别/结果 | 260 | 280 | 260/280 | 浓度(ng/ul) |
| 对照组 | 2.148 | 1.168 | 1.84 | 107.39 |
| 对照组 | 2.215 | 1.206 | 1.84 | 110.76 |
| 1号实验结果 | 1.829 | 0.997 | 1.83 | 91.44 |
| 1号实验结果 | 1.915 | 1.051 | 1.82 | 95.76 |
| 2号实验结果 | 1.356 | 0.758 | 1.79 | 67.82 |
| 2号实验结果 | 1.34 | 0.739 | 1.82 | 67.02 |
| 3号实验结果 | 0.773 | 0.438 | 1.76 | 38.65 |
| 3号实验结果 | 0.839 | 0.474 | 1.77 | 41.96 |
1号、2号、3号实验组的平均回收效率分别为：85.8%、61.8%、37%（看看，这就是区别！！！）。由此我们可以总结出：在凝胶回收的过程中尽量做相对厚一点的胶（为了回收效率就别在意那么一点点胶啦~），最大可能避免毛细作用导致胶体不均匀进而影响回收效率；此外尽可能不要过长时间的电泳，不然大部分的DNA都从凝胶胶体里跑到电泳缓冲液中的话，回收率当然就低啦！回收过程中还要将凝胶块融化完全，以避免堵塞纯化柱。当然这种小的细节相信大家都知道啦。好了今天的小爱课堂就到这里了，下期再会！