随着白炽灯及小型照相机的开发，1865年由Kussmaul开发了可以称之为消化系内窥镜起源的硬性胃镜，为了增加直观人体内脏器官形态的研究，1881年制成了硬直管式胃镜，此后开发了软性胃镜。1903年，德国人在欧洲最早制成装有电光源的直肠镜。这种由透镜组成的内窥镜是硬性的。

1950年在日本开发了胃照相机。可以说这是第一代内窥镜。它能够观察通常人眼不能观察到的胃内情况，在这一点上是具有划时代意义的。然而，它给受检者造成的痛苦是很大的，且在诊断性能方面仍存在很多问题。

1957年Hirshowit等应用玻璃纤维技术开发了纤维镜，这是第二代的纤维内窥镜。导光纤维的出现使内窥镜可以做成软性的。导光纤维是由玻璃纤维或塑料等合成纤维做成的，利用光的多次全反射原理传导光的一种纤维材料。在七十年代初期研制出了性能比较完善、使用方便地各种显微内窥镜，包括胃、食管、十二指肠、支气管、鼻咽喉、直肠、结肠、小肠、胆道、关节、膀胱等镜型。通过显微内窥镜的光学纤维可以传导图像和传导照明用光源。通常光源是采用冷光源，不会烫伤和损伤内脏器官。由于它柔软可绕，大大减轻了病人的痛苦。由于它的直观性，能早期发现微小病变，如癌、瘤、炎症、溃疡、息肉、异物等。它可以直接刷取脱落细胞，钳取活体组织，作涂片或病理检查。另外，借助纤维内窥镜可进行一些治疗，如吸痰，高频手术、止血、钳取胃虫、引流结石、取异物、以及腔内激光治疗、冷疗等。自窥镜开发至今20多年来。已发展到尽善尽美的程度。

1983年welch-Allyn公司和日本先后开发了电子内窥镜，即第三代内窥镜。第三代内窥镜基于固体摄像元件及大规模集成电路的广泛应用，吸收了CCD的开发、计算机、半导体技术进步及小型摄像机的普及等周围科学技术的进步。它不用光导纤维传导图像，而是在内窥镜的头部装入CCD固体摄像头，使光学图像变成电视图像，由电线导出电视信号在电视屏上显示出来。由于不用导光纤维，电子内窥镜的总体直径和硬度大为减小。由于采用CCD摄像技术，CCD的像素可达4到10万个，加上信号处理系统可观察胃小弯及十二指肠绒毛，分辨率大大提高。电子内窥镜没有目镜，图像直接送显示器，或将图像用视频打印机打印出。也可以进行录像。