《软式内镜清洗消毒技术规范》中明确指出：进入人体无菌组织、器官（例如腹腔镜、关节镜、脑室镜、宫腔镜、膀胱镜及其附件），或接触破损皮肤、破损粘膜的软式内镜及附件（例如活检钳等等）应进行灭菌。

对于能耐湿热的内镜而言，高压蒸汽灭菌是一种有效且合适的灭菌方法；但对软式内镜而言，则需按照规范所给出的指示使用低温灭菌设备。

而一些附件（如口圈、弯盘等），宜选择高压蒸汽灭菌。

目前常见的软式内镜灭菌方法有： 环氧乙烷灭菌、过氧化氢低温等离子灭菌、以及化学消毒剂灭菌。

环氧乙烷灭菌

环氧乙烷在常温常压下为无色气体，可以杀灭各种微生物，包括细菌繁殖体、芽胞、病毒和真菌孢子，是一种广谱灭菌剂。

环氧乙烷的灭菌时间在15小时左右。其优点是有较强的穿透性，灭菌效果可靠，对于不耐湿热的软式内镜也有较好的兼容性。但它同样也有缺点，最大的问题便是它的毒性，并且整个灭菌循环时间过长，需长时间通风以去除残留。

过氧化氢低温等离子

过氧化氢低温等离子灭菌的优点是其灭菌时间普遍较短，基本在1小时内可完成灭菌。且分解产物无毒，更安全，无毒性残留。

另一方面，过氧化氢低温等离子灭菌除去成本昂贵的缺点之外，过多的接触还可能会导致有紫外线风险；同时，过氧化氢的穿透性差，且对器械有较为严格的管腔长度与大小的限制。

化学消毒剂灭菌

若使用化学消毒剂进行浸泡灭菌，《软式内镜清洗消毒技术规范》中明确推荐选择 戊二醛、过氧乙酸来进行此项工作。

戊二醛要达到灭菌效果所需的时间较长，通常需要10小时。戊二醛本身具有一定的毒性，有引发支气管炎及肺水肿的风险；不仅如此，灭菌后的医疗器械需用蒸馏水充分冲洗后才能使用，但很难彻底去除残留。

相对而言， 过氧乙酸可在较短时间内杀灭各种微生物，包括细菌芽孢；有机环境不会对过氧乙酸造成影响，这也是它与大多数液态消毒剂不同的一点。

过氧乙酸多配合清洗消毒机使用，在作为灭菌剂时，过氧乙酸能够在较短的时间内达到灭菌效果，所需时间通常在半小时以内。它最大的缺点是普遍对金属有腐蚀性，应尽可能选择对金属腐蚀性较低的过氧乙酸。

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