TMS治疗失语症的策略与运动功能障碍有所不同,这与语言功能代表区重组的特点有关。推动这种功能性重组的神经可塑性变化在受损的左侧半球和未受损的右侧半球均可发生。有研究显示，左侧病灶周围区域的代偿与失语症一定程度的恢复有关,而右侧半球区域在语言恢复中的角色则是多重的,某些区域的代偿不能促进语言网络有意义的重组,反而会形成阻碍。有研究发现,右侧额下回(inferior frontal gyrus ,IFG)的特定区域,即右侧额下回三角部(pars triangularis,PTr)在语言任务中激活,但可能是阻碍语言功能恢复的无效代偿。

基于该证据,有研究对卒中后非流利性失语症患者采用低频rTMS抑制右侧IFG结合言语治疗的方案,结果表明该方案可改善基本语言技能和交流能力,且RMT较低的患者从rTMS中可能获益最多。2020 年更新的TMS循证指南据此提出对脑卒中后慢性阶段非流利性失语患者右侧IFG进行低频rTMS,尤其是结合言语和语言治疗的方案(B级证据,很可能的疗效)。相对于低频rTMS,运用高频rTMS治疗脑卒中后非流利性失语症的研究较少,通常是在患侧IFG应用高频rTMS,但这些研究结果尚不足以推荐使用兴奋性增强方案(高频rTMS或iTBS)。在双侧半球rTMS应用方面,有研究显示，对脑卒中后非流利性失语症患者采用双半球rTMS方案,在患者健侧IFG进行低频rTMS干预，患侧予以高频rTMS治疗,随后进行言语训练,结果发现各项语言能力均有提高。虽然相关研究尚少，但这些结果表明,在失语症治疗中使用双半球刺激方案可能有效。

与非流利性失语症比较,运用rTMS治疗脑卒中后流利性失语症研究不多，其主流观点是将rTMS靶区域定位于颢上回(superior temporal gyrus , STG), 并应用低频rTMS,但目前的研究结果尚不足以给出确切的建议方案。

此外,卒中后失语症神经可塑性变化的个体差异较大,这些变化受到不同患者临床特点的高度影响。有研究表明,包括但不限于卒中程度和部位、语言障碍类型、卒中病程等多种因素均可能影响神经可塑性的临床特点。就卒中的病灶体积而言,卒中体积较小时,恢复可能依赖于残留或病灶周边语言中枢的募集;卒中体积为中等时,语言中枢部分受到累及但关键区域未累及,恢复可能由半球内和或半球间重组的结合来介导;而在大片左脑损伤时，左脑残存的未累及的区域太少，则会有大片右脑同源区域被选择性激活。除了损伤体积会影响失语的恢复,损伤部位和脑损伤所导致的语言障碍的类型也能够影响不同患者的神经可塑性变化。还有研究表明,所有的卒中后失语症最早均会发生双侧激活,在自发恢复的过程中,患者大脑的激活模式会发生变化,变化情况与不同语言障碍的类型有关。卒中的病程也是影响卒中后失语症恢复过程中神经可塑性事件的关键因素,神经激活模式会随着时间推移发生变化,从急性期观察到的优先右侧半球激活，到亚急性期和慢性期的左侧病灶周围/残留区域的激活。这些临床特点的个体差异及其神经可塑性变化的级联效应,与rTMS治疗卒中后失语症的临床疗效密切相关,因而在选择方案时要注意到这些不同的特点。