广州中医药大学东莞医院（东莞市中医院）肛肠科为珠三角地区创立较早的特色专科，具有近五十余年的发展历史，其独特的中药治疗及专科制剂全市有名，如九华消炎膏、创愈灵洗剂、消炎止痒颗粒，开展了中医的腕踝针术后镇痛，中药封包预防术后尿潴溜，火龙罐，针灸治疗肛门术后坠胀等。这些特色技术的研发，广受东莞城镇及周边地区群众的欢迎，更有港澳同胞慕名求医。我科现为广东省中医药局中医重点专科建设单位、东莞市医学临床重点专科。
科室设立门诊（总院、分院）二处及病区。突出以肛门疾病诊治为特色，其中混合痔、肛裂、肛瘘为我科传统优势治疗病种。人才建设：我科拥有高水平人才队伍，其中有副主任医师2人，主治医师4人，住院医师2人。我科多人在广东省中医药学会、东莞市中医学会等学术组织担任职务，多人次赴北京广安门中医院、广东省中医院、南京市中医院等单位进修，始终紧跟肛肠科专科知识前沿。
肛肠科提倡中西结合，中西医并重，在继承传统中医的基础上，学习引进国内、外先进的技术、设备。现在科室配备了精良的肛肠检查、手术设备及专科治疗设备，如肛瘘镜、直乙结肠镜、子午流注低频治疗仪、水疗仪、中药熏洗仪、超声清创仪、Ligasure等专科设备。每年完成各种肛肠手术800余例，微创手术占80%以上，开展了各种痔疮、肛瘘的微创手术，如自动痔疮套扎术（RPH）、直肠黏膜环切手术（PPH）、选择性痔上黏膜切除术（TST手术）、肛瘘改良Hanley、改良Parks松挂线技术、推移瓣、括约肌间瘘管结扎术（LIFT术）等。在便秘的中西医诊治方面，采用中西医结合的治疗手段，把传统中医中药的辨证论治结合现代生物反馈治疗技术，结合中医传统疗法的针灸、艾灸，治疗效果显著，患者口碑极佳。
肛肠科根据不同类型的疾病，从病症、病因、病理、危害、治疗、护理等方面进行专业细分，实现专病专治、精准治疗。近几年来开展了无痛病房的建设，为患者提供专业的个性化治疗方案和无痛手术方案，确保患者疗效确切，安全舒适。