高质量的蛋白质印迹（western blot）结果通常可以通过使用硝酸纤维素（nitrocellulose）或聚偏二氟乙烯（PVDF）膜来获得。这两种类型的膜都能实现高效的蛋白转移和强力的蛋白结合，从而为化学发光法western blot提供一致且灵敏的检测结果。然而，这一效果高度依赖于具体蛋白。有些蛋白在某一种膜上的结合能力会优于另一种。诸如“高分子量或低分子量蛋白更适合某种膜”这样的笼统说法，可能具有误导性或不准确性。蛋白本身的性质（如电荷、疏水性等）会影响其与膜表面的结合能力，因此，找到最佳膜材可能需要针对您的特定蛋白，在不同类型的膜上进行实验。

所采用的检测方法也会影响目标信号和膜背景。在荧光免疫印迹（fluorescent western blotting）中，或者使用如Invitrogen No-Stain Protein Labeling Reagent 这类荧光总蛋白归一化方法时，由于膜自身自发荧光和背景噪音，曝光时间通常受到限制，这会降低可达到的检测极限。优化后的低荧光PVDF膜在各个荧光通道下表现出较低的自发荧光，从而实现低背景和高信噪比，非常适用于基于荧光的western blot应用。

最后，还有一些操作方面的考虑因素可能影响选择硝酸纤维素还是PVDF。一般认为，PVDF膜比硝酸纤维素更耐用。然而，PVDF需要一个激活步骤以增强其对蛋白质的结合能力，这一步骤通常通过在100%甲醇或乙醇中孵育3-5分钟来完成。相比之下，硝酸纤维素膜不需要这种预激活步骤，但它比PVDF更脆弱，需要更加小心地操作以避免撕裂。