单一研究方法

较难发表高水平文章！

多组学关联研究

逐渐成为“快速”

发表高分paper的好拍档！

目前，多组学联合分析已经成为深入挖掘分子机理和发高分文章最有效的策略之一。其中，“转录组+代谢组”关联分析在PubMed检索中，发文量逐年持续增加，是多数实验室首选的热门研究手段。

转录组可以反应基因的表达情况；代谢组则反映出基因功能的一种最终体现与表型直接相关，甚至可以直接作为表型的直接表征。转录组+代谢组的研究相对于单一组学研究来讲，丰富了检测的数据，从因到果解释系统生物学的发生与发展。以代谢为靶点快速锁定研究范围，以对照基因为参考，找到候选新基因，以常规分子实验为载体，进行新基因功能的验证，这是常规高分转录组+代谢组研究的方向。

转录+代谢关联分析通常推荐在以下情况下使用：

1解析复杂的生物学过程

当研究目标涉及多个生物学层面和代谢通路的变化时，转录组和代谢组的联合分析可以提供更全面的视角。

2鉴定关键调控基因和代谢物

转录组和代谢组的关联分析可以帮助鉴定直接影响代谢物的关键调控基因。

3解析胁迫响应机制

在植物面对生物或非生物胁迫时，转录代谢关联分析可以揭示植物如何调整其代谢网络和基因表达来应对胁迫。

4发现新的治疗靶点

在医学研究中，尤其是肿瘤学，转录代谢关联分析可以帮助识别新的治疗靶点。

转录+代谢关联分析存在很多难度。比如：通路注释的复杂性、数据解释的困难、实验操作、技术限制和微弱相关性无法检测等局限。那么，如何高质量开展联合分析，精确定位biomarker基因和代谢物，冲击高分文章期刊？

在此，小编整理了一些典型组合“转录+代谢”以及进阶组合“转录+代谢+其他组学”的联合分析文章供大家参考，也欢迎有相关意向的老师咨询。

客户文章1

环境舍曲林浓度影响下黄颡鱼幼鱼行为和脑肝转录组（IF=12.2）

样本类型：黄颡鱼脑和肝脏

单位：中国科学院南京地理与湖泊研究所

测序方法：真核有参转录组+靶向代谢组

https://www.x-mol.com/paper/1344390569319477248?adv

研究背景：

近年来，抗抑郁药的处方和消费量在全球范围内不断增加。舍曲林 (SER) 属于选择性5-羟色胺再摄取抑制剂 (SSRI) 类抗抑郁药，是治疗临床抑郁症和选择性强迫症最常用的抗抑郁药之一，也是水生环境中最常检测到的药物之一，但其对鱼类行为和生长的影响仍知之甚少。

研究结论：

研究首次证明暴露于环境相关的低浓度 SER会导致浅游增加、食物消耗减少以及自相残杀率增高。大脑较高的生物浓度因子可能是其对鱼的神经行为毒性的一个重要原因。同时在肝脏中检测到了作为 SER 主要代谢物的 NSER，这表明 SER在鱼的肝脏中被代谢。这项研究提供了对 SER 干扰的分子和生化途径的新见解，并揭示了与生长减少和行为改变相关的潜在关键事件。

客户文章2

转录组学和代谢组学分析壳聚糖纳米颗粒对稻瘟病菌的毒性和机制（IF=8.1）

样本类型：米稻，米分枝杆菌培养物

单位：浙江省作物病原虫生物学重点实验室

测序方法：真核有参转录组+代谢组

原文链接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0045653524007975

研究背景：

稻瘟病菌具有特别的破坏性，因为它不仅在水稻中引起稻瘟病，而且在大麦、小麦和小米中引起稻瘟病。生物纳米材料因其特殊的特性，成为保护作物免受植物病原体侵害领域的重要进展。因此，本研究通过生物配制的壳聚糖纳米颗粒（M-CNP）对稻瘟病菌的特定生理和分子机制进行探究。

研究结论：

本研究转录组分析发现米稻在M-CNPs处理后，米稻稻瘟病菌的细胞膜和黄曲霉毒素生物合成、转录调控和核完整性的破坏均存在一定的相互作用。此外，代谢组学分析显示参与各种途径的关键代谢物发生了显著改变，包括微生物和组氨酸代谢、柠檬酸盐循环以及脂质和蛋白质代谢。这些发现强调了M-CNPs的有效抗真菌作用，促使大量的生理和分子变化，最终导致真菌细胞死亡。

客户文章3

代谢组和转录组揭示芦丁改善了斑马鱼幼鱼胆固醇代谢紊（IF=6.7）

样本类型：斑马鱼幼鱼

单位：蚌埠医科大学

测序方法：真核有参转录组+非靶向代谢组

原文链接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0944711324007153#fig0007

研究背景：

现代生活方式的改变导致了肥胖率的上升。过度的脂质积累会导致胆固醇代谢异常，保持均衡的胆固醇代谢对细胞和身体的正常功能至关重要。芦丁属于黄酮类化合物，具有降血脂、抗炎和抗氧化作用。本研究旨在探讨芦丁在斑马鱼幼鱼高胆固醇饮食诱导的胆固醇代谢紊乱中的作用。

研究结论：

为了研究芦丁对HCD诱导的斑马鱼胆固醇代谢紊乱的保护作用，本研究采用了转录组学（RNA-seq）和LC-MS/MS非靶向代谢组学。结果表明，HCD导致斑马鱼体长和体宽增加。HCD组诱导了体长和体宽的增加，脂质积聚，并加剧了炎症。此外，还观察到血管损伤和内皮细胞标志物的异常表达。芦丁降低了喂食HCD的斑马鱼的脂质水平，减少了炎症，保护了内皮细胞。RNA-seq和代谢组学分析相结合表明，芦丁通过减少胆固醇合成和促进胆固醇转运，有效改善了体内胆固醇代谢紊乱。

上海 凌恩已经全面更新推出了转录组+代谢组/蛋白组联合分析，可提供10+种不同的联合分析思路。详见往期：多组学联合分析，不能只知道KEGG，还有它们！

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参考文献

1. Environmentally relevant concentrations of sertralinedisrupts behavior and the brain and liver transcriptome of juvenile yellowcatfish (Tachysurusfulvidraco): Implications for the feeding and growth axis. Journalof Hazardous Materials. 2021.

2. Integrative transcriptomic and metabolomic analyses reveals the toxicity and mechanistic insights of bioformulated chitosan nanoparticles against Magnaporthe oryzae. Chemosphere.2024.

3. Rutin ameliorates HCD-induced cholesterol metabolism disorder in zebrafish larvae revealed by transcriptome and metabolome analysis.Phytomedicine.2024.