国家药监局内部设立9个机构，均为副司局级。可分为综合机构与业务机构。综合机构为：综合和规划财务司、政策法规司、人事司、科技和国际合作司（港澳台办公室），业务机构为：药品监督管理司、药品注册管理司（中药民族药监督管理司）、医疗器械监督管理司、医疗器械注册管理司、化妆品监督管理司。

      组织拟订并监督实施医疗器械标准、分类规则、命名规则和编码规则。拟订并实施医疗器械注册管理制度。承担相关医疗器械注册、临床试验审批工作。拟订并监督实施医疗器械临床试验质量管理规范、技术指导原则。承担组织检查研制现场、查处违法行为工作。主要职责如图所示：

      组织拟订并依职责监督实施医疗器械生产质量管理规范，组织拟订并指导实施医疗器械经营、使用质量管理规范。承担组织指导生产现场检查、组织查处重大违法行为工作。组织质量抽查检验，定期发布质量公告。组织开展不良事件监测并依法处置。主要职责如图所示：

网站：https://www.nifdc.org.cn/nifdc

主要职责

     （1）承担食品、药品、医疗器械、化妆品及有关药用辅料、包装材料与容器（以下统称为食品药品）的检验检测工作。组织开展药品、医疗器械、化妆品抽验和质量分析工作。负责相关复验、技术仲裁。组织开展进口药品注册检验以及上市后有关数据收集分析等工作。

     （2）承担药品、医疗器械、化妆品质量标准、技术规范、技术要求、检验检测方法的制修订以及技术复核工作。组织开展检验检测新技术新方法新标准研究。承担相关产品严重不良反应、严重不良事件原因的实验研究工作。

     （3）负责医疗器械标准管理相关工作。

     （4）承担生物制品批签发相关工作。

     （5）承担化妆品安全技术评价工作。

     （6）组织开展有关国家标准物质的规划、计划、研究、制备、标定、分发和管理工作。

     （7）负责生产用菌毒种、细胞株的检定工作。承担医用标准菌毒种、细胞株的收集、鉴定、保存、分发和管理工作。

     （8）承担实验动物饲育、保种、供应和实验动物及相关产品的质量检测工作。

     （9）承担食品药品检验检测机构实验室间比对以及能力验证、考核与评价等技术工作。

     （10）负责研究生教育培养工作。组织开展对食品药品相关单位质量检验检测工作的培训和技术指导。

     （11）开展食品药品检验检测国际（地区）交流与合作。

     （12）完成国家局交办的其他事项。

网站：https://www.cfdi.org.cn/cfdi

主要职责

（1）组织制定修订药品、医疗器械、化妆品检查制度规范和技术文件。

（2）承担药物临床试验、非临床研究机构资格认定（认证）和研制现场检查。承担药品注册现场检查。承担药品生产环节的有因检查。承担药品境外检查。

（3）承担医疗器械临床试验监督抽查和生产环节的有因检查。承担医疗器械境外检查。

（4）承担化妆品研制、生产环节的有因检查。承担化妆品境外检查。

（5）承担国家级检查员考核、使用等管理工作。

（6）开展检查理论、技术和发展趋势研究、学术交流及技术咨询。

（7）承担药品、医疗器械、化妆品检查的国际（地区）交流与合作。

（8）承担市场监管总局委托的食品检查工作。

（9）承办国家局交办的其他事项。